自离扣工资是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的规定,用人单位应当按照劳动合同的约定,按照规定的工资支付方式和时间,足额支付劳动者的工资,不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果劳动者自离,用人单位应该按照约定支付劳动者的工资,不应该扣留劳动者的工资。
此外,根据《中华人民共和国劳动法》的规定,用人单位应当依法保护劳动者的合法权益,包括劳动者的工资、福利、社会保险、休息休假、劳动安全卫生等权益。如果用人单位违反了相关规定,侵害了劳动者的合法权益,劳动者可以向劳动监察部门投诉举报,维护自己的合法权益。
总之,自离扣工资是不合法的行为,用人单位应该遵守相关的法律法规,按照约定支付劳动者的工资,保护劳动者的合法权益。