首先,根据相关法律法规,用人单位不得违反规定延长劳动者的工作时间。同时,用人单位应当按照规定支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。如果用人单位对迟到的劳动者进行扣减一整天工资的处理方式,明显违反了法律规定,属于违法行为。
其次,用人单位制定的劳动规章制度也应当符合法律、法规规定,如果违反了相关规定,应当受到警告、责令改正等处罚。如果劳动规章中规定了迟到半个小时扣一整天工资的制度,也属于违法行为,劳动者可以依据相关规定,向劳动行政部门投诉或申请仲裁,维护自己的合法权益。
最后,企业因生产特点不能实行规定的工时制度,经劳动行政部门批准,可以实行其他工作和休息办法。在这种情况下,用人单位应当按照批准的制度执行,不得随意更改劳动者的休息休假方式。如果用人单位随意更改劳动者的休息休假方式,也属于违法行为。
综上所述,迟到半个小时扣一整天工资的处理方式是不合法的。劳动者可以向劳动行政部门或相关部门投诉,维护自己的合法权益。同时,用人单位也应当遵守相关法律法规,制定符合规定的劳动规章制度和休息休假制度。