首先表明观点：不应该。

职能部门做考核从固定工资中扣取20%用做绩效考核，这样做的实质是：等于变相地降低员工工资。因为当员工没有达到考核目标时，收入就降低了。

这样做的危害是：不但不能提高职能部门的工作价值和工作积极性，反而对绩效考核带来伤害，导致绩效考核形式化。

如果非要职能部门做考核从固定工资中扣取20%用做绩效考核，那么公司同样要拿出员工固定工资的20%作为奖励，这样相对会好些。

职能部门本身就是基本工资，谈到项目奖金，年底分红等绝大部分公司都不能有职能部门啥事，况且，很多职能部门的绩效只是形式，考核的内容也是基础工作，没有重大失误不会扣绩效，还会引起不必要的消极。有个别职能老油条干的不好可以有奖惩制度，或者直接辞退行了

做绩效的最终目的为了激励员工工作，提升员工效能；绩效考核部分的薪资可以建议老板制定预算标准，而不是建议现有的固定薪资中取20%，原因是职能部门的薪资结构中本没有提成或是绩效奖金部分，如果抽取20%作为绩效薪资，员工必定会产生公司想克扣薪资的想法，理由是：员工想获得原本一样金额的薪资，绩效就得打满分，如果达不到满分，就拿不到合同约定的薪资，如果达到满分了，仅获得原本一样的薪资也没有额外的奖励；如果是这样子，职能部门的同事肯定会产生抵触情绪，绩效考核计划预计也不能达到效果，最差的结果可能导致职能部门员工人心涣散，团队士气降低。

固定工资，顾名思义不跟绩效挂钩，不会随着绩效表现上下浮动，也是合同约定内容，如果现在要将固定工资划出20%作为绩效工资，即变更薪资结构，也相当于更改合同约定内容，是需要跟员工达成共识，即获得员工同意才可以，否则产生扣款，公司会陷入未足额支付薪酬的窘境