看了楼主提供的案情，处理员工自离时，一般有两种方法，一是严格依法依规办理，二是协商处理。我是倾向于协商的，现分别分析如下：
依法依规处理
处理或分析的过程可以如下：
1、依据。有两种依据：
（1）法规。处理自离员工的法规有：《劳动法》第4条、《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》（劳部发[1995]223号）、《关于企业职工要求“停薪留职”的通知》（劳人计[1983]61号、劳人计[1984]39号）、《全民所有制单位技术工人流动暂行规定》（劳人劳[1987]14号）、《关于企业处理擅自离职职工问题的复函》（劳办发[1993]83号）、《关于计算连续旷工时间问题的复函》（劳社函〔1998〕5号）等。 均说明自动离职是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为，自离也是旷工的行为。
（2）企规。楼主说公司规定“旷工三天以上就算自离”，以上法规并未对旷工达到多少天以上就算自离，也就是赋予了企业在旷工方面自主管理的权限，所以规定三天以上旷工就算自离不违法。也就是说，可以对该员工做出辞退处理。
2、工资。按照以上法规和企业规定，都是不会计发旷工期间的工资，但应当发放旷工之前的工资，两者要分清楚。
3、证明。不管员工以什么原因离开公司的，按照劳动合同法50条的规定，企业解除了员工的劳动合同，都应当于解除时出具离职证明。
4、补偿。按照劳动合同法的规定，有五种情况的自离，员工是可以获得补偿的，即：以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动，未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件，克扣或者无故拖欠劳动者工资，拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬，低于当地最低工资标准支付劳动者工资。本案未说明员工离职的原因，如果智慧一点的劳动者，可能会努力去抓企业有否有这样的行为。
5、条件。虽然有如此规定，但企业并不等于就理所当然的可以按照这些规定来处理员工的，还需要具备以下两个条件。
（1）程序。企业旷工、自离等规定需要通过民主程序制订，如果员工不知情即没有证据证明员工知情，也是无效的规定。
（2）通知。员工无故离开公司后，企业应及时EMS或挂号通知员工本人或家属，限期回司上班，愈期则按规定给予辞退或除名。
协商一致处理
如果严格按照法规企规来处理，有可能会留下不少后遗症或漏洞，比如：企规在制订程序不严、企业本身存在一些管理缺失（比如：拖欠工资、未支付加班费、社保未及时购买等），企业虽然可以理直气壮依规处理，但员工也不是省油的灯，惹急了也会想办法咬企业几口的，以上这些漏洞都是下口的地方，如果企业没十足的把握，建议还是与员工协商处理为好，以下几步可以一试。
1、主动协商。员工纠纷要及时处理，越拖越容易把问题搞复杂。可以把员工约来细谈，说明国家及公司的规定，分析员工的行为性质，虽然提了离职申请，但规定是提前一个月，才过几天就不来上班，就是旷工，依企规，旷工达三天就算自离，未进行工作移交，给公司还会造成一定损失，依法可以要求员工承担，如果开具离职证明时写上属“自离旷工”，对今后的职业生涯也有影响，所以，尽力劝来办好离职手续，但不一定非要三天时间来办理，尽快办理，不要故意刁难就好。毕竟员工也答应等招到新人后愿意回来交接工作，该员工可能是找到新工作了，放员工远去，毕竟找一个新工作也不容易，干嘛非要等一个月或三天交接工作呢，急辞急走而且不扣什么，显得公司大度，铁心要离开，为什么要去斤斤计较呢。
2、通知到位。员工无故离开了，EMS或挂号要及时发出，通知其来上班或办离职手续，否则，愈期就会辞退。
3、待遇问题。如果及时前来办好离职手续，公司及时发放以前工资，及时开具离职证明、办好社保转移手续等，同时可以不写被公司辞退或因旷工或自离。
总之，当事双方协商解决是最好的选择，即使仲裁、诉讼，都会多次被仲裁庭、法官劝导“希望你们双方再协商”，即使最终裁决或判决，其实与协商方案也相差无几，还节约司法资源，更避免了与员工闹到法院，即使赢了官司，输的一定是公司，因为在职的员工多数会认为公司“不厚道”而慢慢失去忠心，进而体现在公司责任心、积极性和努力程度上的逐渐低下。
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